1、适用范围和作用不同

项目申请报告是政府行政许可的要求，它仅仅适用于企业投资建设实行政府核准制的项目，即列入“核准目录”的企业投资项目。其作用是根据政府关注的公共管理要求，主要从维护经济安全，合理开发利用资源、保护生态环境、优化重大布局、保障公众利益、防止出现垄断等方面进行核准。政府投资项目和实行备案制的企业投资项目，均不需要编制项目申请报告。

2、目的不同

对于企业投资项目而言，可行性研究报告的目的是论证项目的可行性，提交企业内部决策机构(如企业董事会)审查批准；以及提交贷款方(包括内、外资银行以及国际金融组织和外国政府)评估，以便其做出贷款决定。

顶目申请报告是对政府关注的项目外部影响，涉及公共利益的有关问题进行论证说明，以获得政府投资主管部门的核准(行政许可)。在政府投资主管部门核准之前，根据有关规定，企业需要获得规划、自然资源等主管部门的许可。

3、内容不同

可行性研究报告不仅要对市场前景、技术方案、设备选型、项目选址、投资估算、融资方案、财务效益、投资风险等方面进行分析与研究；而且，要对政府关注的涉及公共利益的有关间题进行论证。

项目申请报告主要是从规划布局、资源利用、征地移民、生态环境、经济和社会影响等方面对拟建项目进行论证，对市场、技术、资金来源、财务效益等不涉及政府公权力等“纯内部”问题， 不作为主要内容，但需要对项目有关间题加以简要说明，作为对项目核准提供项目背景、外部影响评估的基础材料。如：为了便于政府对发展规划、产业政策及行业准人等内容进行审查，需要对采用工艺技术方案的先进性、创新性作简要说明等。